Kecamatan:
Sebatik Timur, Sebatik Barat, Sembakung, Nunukan, Lumbis Hulu, Lumbis Ogong, Krayan, Sebatik Utara, Krayan Tengah, Krayan Barat, Lumbis, Tulin Onsoi, Sebuku, Lumbis Pansiangan, Sebatik Tengah, Nunukan Selatan, Krayan Selatan, Sei Menggaris, Sebatik, Sembakung Atulai, Krayan Timur
Desa:
Cinglat, Long Pasia, Tabur Lestari, Pa' Betung (Pa Betung), Wa' Yanud (Wa Yanud), Pa' Nado (Pa Nado), Kalunsayan (Kulunsayan / Kalun Sayan), Pa' Milau (Pa Milau), Tetaban, Lapri, Buduk Tumu, Maspul, Sangkub (Sangkup), Tanjung Hulu, Pa' Raye (Pa Raye), Pelaju, Binusan, Liang Butan, Pa' Amai (Pa Amai), Tagul, Tanjung Hilir, Labuk, Bungayan, Bambangan, Tambalang Hulu (Tambalang Ulu), Harapan, Nunukan Selatan, Langgason, Sekikilan, Pa' Pirit (Pa Pirit), Samunti, Makmur, Tinampak II, Long Kabid, Katul, Bulan Bulan, Tanjungkarang (Tanjung Karang), Pa' Umung (Pa Umung), Semata, Sinampila I (Sinampala Satu), Setabu, Libang, Pa' Rangeb (Pa Rangeb), Liang Biadung (Long Bia Dung), Bululaun Hilir (Bulu Laun Hilir), Lagas, Labuk, Selisun, Labang, Sumantipal, Bokok, Long Budung, Taluan, Linsayung, Long Umung, Sungai Nyamuk, Sungai Limau (Sei Limau), Long Rian, Sumalumung, Bukit Aru Indah, Balatikon (Blatikon / Belatikan), Long Puak, Pa' Ibang (Pa Ibang), Long Mutan, Saduman, Bululaun Hulu (Bulu Laun Hulu), Lintong, Pa' Lidung (Pa Lidung), Pa' Butal (Pa Butal), Limpakon, Tanjung Aru, Liang Lunuk, Sinar Baru, Long Tenem, Bukit Harapan, Long Rungan, Apas, Aji Kuning, Binanun, Tau Lumbis, Kunyit, Pa' Melade (Pa Melade), Long Rupan, Kalampising, Pulau Keras, Buduk Kinangan, Pagaluyon, Sungai Manurung, Tetagas, Pa' Rupai (Pa Rupai), Lubok Buat, Lubakan, Tumantalas (Tumatalas), Paluan, Long Birar, Nantukidan, Long Sepayang, Payang, Sekaduyan Taka, Tubus, Sanur, Patal I (Satu), Likos, Pulu Bulawan, Nunukan Timur, Pa'lemumut (Pa Lemumut), Pa' Sire (Pa Sire), Ubol Sulok (Ubel Sulok), Pa' Inan (Pa Inan), Patal II (Dua), Lembada, Long Pupung, Buduk Kubul, Nansapan (Nan Sapan), Pa' Terutun (Pa Terutun), Binalawan, Long Bawan, Mansapa, Butas Bagu, Kabungolor (Kabungalor), Nainsid, Pa' Dalan (Pa Dalan), Tepian, Pa' Mulak (Pa Mulak), Sapuyan, Melasu Baru, Pa' Padi (Pa Padi), Long Nuat, Suyadon, Wa' Yagung (Wa Yagung), Pa' Mering (Pa Mering), Pa' Sing (Pa Sing), Salan, Lulu, Pa'loo (Pa Loo), Long Bulu, Podong, Sibalu, Tang Badui, Tujung, Semunad, Sedongon, Balansiku, Pa' Kemut (Pa Kemut), Wa' Laya (Wa Laya), Pa' Lutut (Pa Lutut), Long Padi, Nunukan Barat, Padaidi, Sanal, Sabuluan, Pagar, Pa' Urang (Pa Urang), Tulang, Sumentobol, Long Matung, Sujau, Pa' Pani (Pa Pani), Long Berayang, Siawang, Sungai Pancang, Tuntulibing (Tantu Libing), Tau Baru, Pa' Tera (Pa Tera), Atap, Tanjung Harapan, Naputi, Liang Tuer, Long Mangan, Pa' Kaber (Pa Kaber), Batung, Kuyo, Liang Bunyu, Pa' Api (Pa Api), Long Kelupan, Tambalang Hilir, Tadungus, Tembalang, Duyan, Long Nawang (Long Nawan), Salang, Dabulon (Dubulon), Seberang, Ba' Liku (Ba Liku), Pa' Upan (Pa Upan), Liang Bua, Sungoi, Pa' Matung (Pa Matung), Nunukan Utara, Nunukan Tengah, Pa' Kidang (Pa Kidang), Pa' Yalau (Pa Yalau), Lepatar, Tang Paye, Kalisun, Liang Turan, Bulu Mengolom (Bulu Mengelom), Liuk Bulu, Samaenre Semaja, Kampung Baru, Srinanti, Pembeliangan, Semalat, Mamasin (Mamanis), Kekayap, Tantalujuk, Manuk Bungkul, Sasibu, Sinampila II (Sinampala Dua), Pa' Delung (Pa Delung), Long Tugul, Kalambuku (Kalam Buku), Pa' Pawan (Pa Pawan), Binuang, Tukulon (Tukulen), Ma' Libu (Ma Libu), Deralon, Jukup, Ubol Alung (Tubel Alung / Ubel Alung), Saludan, Bebanas, Sedalit, Pa' Putuk (Pa Putuk), Sembudud, Panas, Pa' Urud (Pa Urud), Lembudud, Liang Aliq (Liang Alig), Pa' Kebuan (Pa Kebuan), Pa' Pala (Pa Pala), Ba Sikor, Tinampak I, Ngawol, Liang, Mambulu, Pa' Payak (Pa Payak), Tanjung Harapan, Long Katung, Mansalong, Lipaga (Lepaga)